JOGLのGLCanvasを画像にするには
http://download.java.net/media/jogl/builds/nightly/javadoc_public/com/sun/opengl/util/Screenshot.html
ScreenShotクラスを使うのが一番簡単そうです。
Rectangle r = canvas.getBounds();
com.sun.opengl.util.Screenshot.writeToFile(new File(fileName),r.width, r.height);
あとは、pixelぐりぐりいじるタイプのサンプルが以下にありました。
http://www.repeatwhiletrue.com/p5/framework.pde