ついにAndroid と CDTでのNDKのプロジェクトのマージが成功しました。

といっても、単にDoug Schaeferさんが公開しているProjectを元にhello-jniのコンパイル成功しただけですけどね。
http://github.com/dschaefer/android-box2d/tree/master

先にAndroid Project作って、それをC++ Projectにコンバートすればいいみたいです。
あとは、Doug Schaeferさん作成のMakefileをコピーして自分のプロジェクトにおけばいいみたいです。

私はCDT自体ほとんど経験なかったので、コピーしたMakefileじゃなく、Project自動作成のMakefileが動いてしまい、わけわかんない状態になりました。あとbox2dを先にコンパイルしましょう。

ちなみに、Dougさんが、提供しているbox2dは、libbox2d.aファイルを生成してくれます。
なので独自にBox2D Under NDKを作りたい人もこのlibbox2dを元にすると楽です。

MLで知りましたが
組込みプレス vol.16にも、別のやり方載っているみたいです。